企業合并企業所得稅區分一般性稅務處理和特殊性稅務處理。一般性稅務處理，合并企業應按公允價值確定接受被合并企業各項資產和負債的計稅基礎。被合并企業及其股東都應按清算進行所得稅處理。因此，被合并企業的虧損只能從被合并企業的清算所得中彌補，即便有尚未彌補完的虧損，也不能延續到合并企業彌補。但對符合特殊性稅務處理條件，并選擇特殊性稅務處理的，對被合并企業尚未彌補的虧損，可以在合并企業中彌補。是否是全額彌補呢?不是!《財政部 國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》(財稅〔2009〕59號，以下簡稱“59號文”)規定，企業合并適用特殊性稅務處理時，可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額=被合并企業凈資產公允價值×截至合并業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率。另據《企業重組業務企業所得稅管理辦法》(國家稅務總局公告2010年第4號)第二十六條規定，可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額，是指按稅法規定的剩余結轉年限內，每年可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額。由此可見，59號文所說的限額為年度限額，而非彌補總額。

　　舉例：某B企業為A企業全資子公司，兩家企業的虧損可結轉年限均為5年。2021年9月，A企業吸收合并B企業，雙方符合特殊性稅務處理條件并選擇適用。已知B企業2016年待彌補虧損260.74萬元，2017年待彌補虧損370.43萬元，2018年待彌補虧損123.02萬元，2019年待彌補虧損84.59萬元，2020年待彌補虧損58.47萬元，2021年待彌補虧損28.5萬元，B企業凈資產公允價值4842.58萬元。截至2021年末，國家發行的最長期限國債利率為5.31%。

　　B企業2016年的虧損，可在A企業2021年前彌補，2017年的虧損可在2022年前彌補，以此類推。每年可由合并企業A企業彌補的被合并企業B企業虧損的限額為4842.58*5.31%=257.14(萬元)。被合并企業各年度尚未彌補的的虧損額就應該是在限額范圍內按孰小原則平移至合并企業，以此確認合并企業可結轉的虧損額。被合并企業B企業2016、2017年虧損額分別為260.74萬元和370.43萬元，大于其可彌補虧損限額257.14萬元，因此，A企業只能分別確認可彌補的虧損為257.14萬元;B企業2018-2021年虧損額均小于年度限額，則可按實際虧損額全部轉入A企業進行彌補。其中2018年可在合并企業彌補虧損的限額為123.02萬元，2019年可在合并企業彌補虧損的限額為84.59萬元，2020年可在合并企業彌補虧損的限額為58.47萬元，2021年可在合并企業補虧損的限額為28.5萬元，

　　延伸：現行政策規定，自2018年1月1日起，高新技術企業和科技型中小企業虧損結轉年限延長至10年。如果被吸收合并方為這類企業，尚未虧損的彌補是否可以在合并企業順延至10年呢?59號文規定，企業合并符合特殊性稅務處理并原則特殊性稅務處理的，“被合并企業合并前的相關所得稅事項由合并企業承繼”。因此，被合并企業的虧損可以在合并企業結轉年限延長至10年。

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