2006年我國通過了修訂后的《中華人民共和國合伙企業法》，建立了有限合伙制度。該制度結合了公司和普通合伙兩種企業制度的優點，因其不可替代的優越性，深受投資人的青睞。有限合伙企業被廣泛應用于投資持股，如有限合伙基金、員工股權激勵等等。

　　但因合伙企業稅制仍不完善，實務中通過有限合伙持股仍然存在諸多稅務難點和爭議點。納稅人選擇通過有限合伙進行對外投資時，應考慮相關的稅務影響。其中有關有限合伙基金的稅制存在較多細節，限于篇幅我們將另文討論。

　　一、有限合伙企業稅制概述

　　根據《合伙企業法》的規定，有限合伙企業是由普通合伙人和有限合伙人組成的合伙企業，其中普通合伙人對合伙企業債務承擔無限連帶責任，有限合伙人以其認繳的出資額為限對合伙企業債務承擔責任。

　　《國務院關于個人獨資企業和合伙企業征收所得稅問題的通知》(國發〔2000〕16號)規定，自2000年1月1日起，對個人獨資企業和合伙企業停止征收企業所得稅，其投資者的生產經營所得，比照個體工商戶的生產、經營所得征收個人所得稅。

　　《關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定》(財稅〔2000〕91號)，規定了合伙企業生產經營所得和其他所得采取“先分后稅”的原則，《關于合伙企業合伙人所得稅問題的通知》(財稅[2008]159號)再次對“先分后稅”原則的細節進行明確。即：合伙企業實現的所得，無論利潤分配與否，均按照合伙比例計算各合伙人的應稅所得。其中，自然人合伙人根據所得的性質分別適用“利息、股息、紅利所得”和“個體工商戶的生產、經營所得”繳納個人所得稅，法人合伙人則繳納企業所得稅。

　　2021年12月30日，財政部、稅務總局發布的《關于權益性投資經營所得個人所得稅征收管理的公告》(財政部 稅務總局公告2021年第41號)(以下稱“41號公告”)中還規定，個獨合伙企業負有主動如實向稅務機關報送持有權益性投資的義務。

　　二、有限合伙為何廣受投資人青睞

　　根據《合伙企業法》的規定，有限合伙企業由普通合伙人和有限合伙人組成。有限合伙這種組織形式之所以深受投資人青睞，是因為通過有限合伙企業持股具有如下優勢：

　　選擇有限合伙企業作為持股平臺，LP不執行合伙事務，不得對外代表有限合伙企業，便于保障GP的控制權。比如員工持股平臺，一般由創始人擔任GP，被激勵的員工則作為LP進入持股平臺，如此能夠充分保障創始人對公司的控制權。

　　LP僅履行出資義務即可，且承擔有限責任，便于有限合伙企業募集資金。

　　除此之外，根據《合伙企業法》和《企業所得稅法》，合伙企業屬于稅收透明體，在合伙企業這個層面不征收企業所得稅，經營收益直接由合伙人繳納一次所得稅即可。對稅負的考量，也是人們選擇有限合伙持股的重要因素。

　　三、有限合伙持股，稅務難點有幾何?

　　1、核定征收被取消后，有限合伙企業即便注銷，合伙人依然存在被要求補稅的風險

　　根據41號公告的規定，持有股權、股票、合伙企業財產份額等權益性投資的個人獨資企業、合伙企業，一律適用查賬征收方式計征個人所得稅。其實早在此前，北京、上海、江西、山東等多地已陸續取消核定征收。

　　其中，上海市稅局去年宣布：從2021年8月1日開始，上海一般納稅人個獨/合伙企業所得稅征收方式由核定征收全部改為查賬征收。我們知道，一年度內不能有二種征收方式，所以查賬征收會從2021年1月1日開始，這意味著相關企業可能會面臨被要求補稅。隨著政策頒布，大量核定征收的有限合伙企業排隊注銷。

　　那么合伙企業注銷以后，稅務機關是否還能向相關的合伙人追繳稅款呢?有限合伙本身屬于所得稅的稅收透明體，不涉及繳納所得稅，而是由每個合伙人按規定繳納。因此，即使合伙企業被注銷，如果存在稅收違法行為或少繳稅款的行人，合伙人依然存在被追繳稅款的風險，并且普通合伙人原本就承擔連帶責任。

　　2、有限合伙企業轉讓股權所得定性有爭議

　　自然人通過合伙企業轉讓股權所得如何納稅一直是個有爭議的問題。41號公告發布后，各地稅務機關陸續開展對存在股權轉讓行為的有限合伙企業的稅務檢查，要求投資者按照生產經營所得5%—35%繳納稅款(選擇單一核算的基金除外)。然而，自然人直接投資情形下的財產轉讓適用20%的個人所得稅率，而通過有限合伙企業投資適用5%—35%的累進稅率，在稅制上仍存在一定爭議。

　　我們認為，對于自然人LP取得的所得性質的界定，不應該由于稅收透明體的存在而導致性質發生改變，此類規定既不符合稅制原理，又違稅收中性原則。針對股權轉讓的稅收應回到稅收中性原則，對其稅收安排不應扭曲投資者和管理人的正常投資行為，保護投資者的積極性和不同組織形式的靈活性，為金融市場的健康發展和繁榮穩定夯實制度基礎。

　　3、份額轉讓后的成本核算有爭議，容易造成經濟性雙重征稅

　　我國對合伙企業層面不征收企業所得稅，而是穿透到合伙人層面征收所得稅，自然人合伙人繳納個人所得稅，法人合伙人繳納企業所得稅。在這種征稅原則下，就會出現合伙稅基確認的問題。

　　例：自然人甲、乙分別以50萬人民幣現金出資設立合伙企業A(各持有A 50%的份額)，A再以100萬人民幣現金出資設立有限責任公司B。當年年末，公司B股權公允價值為500萬元。

　　當年5月，自然人乙向自然人丙轉讓A的份額，轉讓對價為300萬元。據此乙確認財產轉讓所得250萬元(300萬-50萬)，應納稅額為250*20%=50萬元。

　　當年年末，A處置公司B股權，取得500萬元轉讓收入，此時若僅按照A持有公司B股權的投資成本作為可以扣除的計稅基礎，丙應按照5%-35%的稅率就(500萬-100萬)*50%=200萬元的所得繳納個人所得稅。

　　可以看出，5月乙向丙轉讓A的份額時，轉讓對價已經將公司B的股權公允價值考慮在內，且由乙就此繳納20%的個人所得稅。那么若丙在年末股權價值增值實際實現時又按“經營所得”繳納個稅，就造成了經濟性重復征稅。

　　合伙企業作為稅收透明體，合伙人轉讓合伙企業份額和通過合伙企業轉讓資產，應當保持一致的稅務處理和實際稅負，但現行稅法并未對合伙企業份額轉讓后的成本核算問題進行明確規定，導致實踐中爭議重重。

　　4、合伙企業轉讓上市公司股票需繳納增值稅，成本偏高

　　根據稅法規定，個人轉讓上市公司股票(除限售股外)取得的所得免征個人所得稅。個人從公開發行和轉讓市場取得的上市公司股票，持股期限超過1年的，股息紅利所得免征個人所得稅;持股期限在1個月以內(含1個月)的，其股息紅利所得全額計入應納稅所得額;持股期限在1個月以上至1年(含1年)的，減按50%計入應納稅所得額;上述所得統一適用20%的稅率計征個人所得稅。個人轉讓上市公司股票，還可以享受增值稅免稅優惠。

　　但若自然人使用有限合伙企業持股，轉讓上市公司股票時不僅要面對可能高達35%的個稅，通常因為溢價，還需要按照“金融商品轉讓”繳納增值稅，稅率最高為6%，再加上增值稅附加等稅負，溢價部分的稅負率可能超過40%。

　　0 VS 40%，自然人到底該如何持股?

　　四、必須提及的區域性優惠政策：海南自貿港與橫琴粵澳深度合作區

　　近年來，我國的粵港澳大灣區、海南自貿港和橫琴粵澳深度合作區等地先后制定了個人所得稅優惠政策，以這種方式吸引人才、支持本地區建設。多地制定了個人所得稅負不超過15%的優惠政策，吸引了越來越多投資者的目光，有關這些區域性稅收優惠政策的更多具體細節，我們將另文討論。

　　有限合伙企業作為持股平臺，既有優勢，又存在著不少稅收痛點�，F行稅法對有關有限合伙企業的核定征收、股權轉讓、稅基確認及股票減持等方面的規定仍然略顯粗糙，導致合伙企業稅制在實踐中爭議重重。41號公告出臺后，合伙企業持股備受稅務機關關注。納稅人在選擇該類持股模式的時候，務必慎重。

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