一般納稅人農副產品的進項稅額抵扣問題，按照采購渠道的不同以及供應商的身份不同，導致購進的原輔材料進項稅額抵扣可分為幾種情況。

　　1.一般納稅人開具的增值稅專用發票，購進企業可以按規定進行抵扣，即可以按照票面注明的稅額抵扣。

　　2.海關進口增值稅專用繳款書。企業購進進口原輔材料的，可以按海關進口增值稅專用繳款書注明的稅額進行抵扣。

　　3.向農業生產者購進的自產農產品，可以憑農副產品收購發票或自產農副產品銷售發票抵扣進項稅額。

　　企業經常向農業生產者個人購進自產農產品的，可以向主管稅務局申請農副產品收購發票，在購進時自行據實開具;或者，可以由農業生產者去稅務局申請代開免稅銷售發票。無論是企業自開的農副產品收購發票，還是稅務局代開的免稅農產品銷售發票，均可以作為進項稅額抵扣憑證。

　　農民專業合作社和農業企業等，銷售自產的農產品時，可以開具免稅的農副產品銷售發票。因此，購進企業向這類農業生產的組織和企業采購農產品，應積極索取合規的發票，以作為進項稅額抵扣的憑據。

　　農副產品收購發票或自產自銷農副產品銷售發票，可以抵扣的進項稅額=票面金額×9%，用于生產13%稅率深加工產品按照10%扣除率計算進項稅額。

　　4.小規模納稅人開具增值稅專用發票，分兩種情況：

　　(1)生產農業初級產品(稅率9%)：以增值稅專用發票上注明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。

　　比如從小規模納稅人購進農產品并取得增值稅專用發票，注明價款金額1000.00元，稅額30.00元。該張發票可抵扣的進項稅額=1000.00×9%=90.00元，而不是專用發票注明的稅額30.00元。

　　(2)深加工產品(稅率13%)：以增值稅專用發票上注明的金額和10%的扣除率計算進項稅額。

　　5.不能抵扣進項稅額的憑證

　　(1)流通環節開具免稅農產品銷售發票

　　目前可以開具農產品免稅發票的情形有六種：

　　一是農業生產者銷售的自產農產品;

　　二是農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品;

　　三是采取“公司+農戶”經營模式銷售畜禽;

　　四是制種企業在定點生產經營模式下生產銷售種子;

　　五是對從事蔬菜批發、零售的納稅人銷售的蔬菜;

　　六是從事農產品批發、零售的納稅人銷售的部分鮮活肉蛋產品。

　　前四種都屬于農業生產者銷售自產農產品，取得這四種免稅發票，可以按農產品銷售發票抵扣進項稅額。后兩種情形屬于流通環節對蔬菜、鮮活肉蛋的免稅發票，不能抵扣進項稅額。

　　(2)銷售非自產農產品開具的普通發票

　　小規模納稅人和一般納稅人銷售非自產的農產品開具的普通發票，不能作為進項稅額抵扣憑證。

　　將上述涉及到的一般納稅人企業購進農副產品的進項抵扣，總結如下：圖-1。

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