《財政部 國家稅務總局 中國殘疾人聯合會關于印發<殘疾人就業保障金征收使用管理辦法>的通知》(財稅〔2015〕72號)第二條規定，保障金是為保障殘疾人權益，由未按規定安排殘疾人就業的機關、團體、企業、事業單位和民辦非企業單位(以下簡稱用人單位)繳納的資金。

　　國家層面上并沒有分公司是否單獨繳納殘疾人就業保障金的相關規定，可參考地方性的規定并與當地征管機關溝通確認。

　　《湖南省財政廳 湖南省地方稅務局 湖南省殘疾人聯合會關于轉發<殘疾人就業保障金征收使用管理辦法>的通知》(湘財綜〔2016〕46號)第三條第三款：用人單位總機構和分機構不在同一縣市的，分別向各自所在地的主管地方稅務機關申報繳納保障金。機構所在地指依法進行稅務登記場所的所在地。

　　《省財政廳 省地方稅務局 省殘疾人聯合會 中國人民銀行武漢分行關于印發<湖北省殘疾人就業保障金征收使用管理實施辦法>的通知》(鄂財法規〔2017〕11號)第九條：保障金由用人單位所在地的地方稅務局負責征收，實行屬地管理。用人單位總機構和分支機構不在同一縣(市、區)的，應分別在各自機構所在地的地方稅務機關申報繳納保障金。

　　國家稅務總局深圳市稅務局(2021-10-19)：

　　問：深圳的總公司，分公司在外省或者外市，社保和工資都是由分公司購買及發放，申報殘疾人就業保障金的時候有個“上年度在職職工工資總額”怎么填寫?

　　答：《關于工資總額組成的規定》(國家統計局令第1號1990年1月1日)第三條：“工資總額是指各單位在一定時期內直接支付給本單位全部職工的勞動報酬總額”。

　　用人單位按照上年本單位在職職工人數及為其實際支付的勞動報酬總額來填寫申報表中的“上年在職職工工資總額”。分公司員工的社保及工資均不由總公司支付，則不納入總公司“上年度在職職工工資總額”。這也意味著，總公司和分公司是分別計算繳納殘疾人保障金的。

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